Presiden Soekarno menggunakan Istana Merdeka sebagai rumah dinas resmi presiden dan keluarganya.
Saat itu, Soekarno menjadikan Istana Merdeka sebagai tempat berkumpulnya rakyat di halaman depannya untuk mendengarkan pidato kenegaraan.
Presiden Soeharto menggunakan Istana Merdeka hanya sebagai tempat upacara kenegaraan dan penerimaan surat percaya duta besar.
Setelah Presiden Soeharto lengser, berlanjut ke Presiden Habibie.
Habibie sempat loncat dari jendela ruang kerjanya saat merasa diancam oleh tentara yang seharusnya tidak ada di sekitar istana.
setelah Habibie, Presiden Abdurrahman Wahid kembali menggunakan Istana Merdeka sebagai rumah dinas presiden.
Berbeda dengan Abdurrahman Wahid, Presiden Susilo Bambang Yudhoyono justru bekerja di Wisma Negara atau Guest-House di pekarangan istana.
